Der Fachdienst Natur- und Gewässerschutz der Wasserwacht konzentriert sich vornehmlich auf das Leben im und am Wasser. Zu den Aufgaben der Streifengänger gehören regelmäßige Uferbegehungen und Reinigungsaktionen an den betreuten Gewässern und die Überwachung der Amphibienwanderung. Mit dem Aufstellen von Brut- und Nistkästen und der Anlage und Pflege von Biotopen trägt die Wasserwacht aktiv zur Arterhaltung bei.